İxtisas fənləri kafedrası Dövlət Gömrük Komitəsinin Akademiyasının əsas tədris strukturlarından biri kimi 2018/2019-cu tədris ilindən fəaliyyət göstərir. İxtisas fənnləri kafedrası, akademik il ərzində bütövlükdə 100 fənnin tədris proqramını icra edir. Bundan əlavə, bakalavriat üzrə istehsalat təcrübəsi və buraxılış işləri müdafiəsi proseslərini, eləcə də magistratura üzrə elmi-pedogoji və elmi-tədqiqiat təcrübələri və dissertaiyaların müdafiə proseslərini təşkil edir və bununla da 9500 saatdan çox illik dərs yükünü aparır. Bakalavriat səviyyəsində İqtisadiyyat, Beynəlxalq ticarət və logistika, Hüquqşünaslıq, İnformasiya təhlükəsizliyi ixtisasları və magistratura səviyyəsində Gömrük işi, Beynəlxalq hüquq və Cinayət hüququ, cinayət prosesi, kriminalistika və məhkəmə ekspertizası ixtisaslaşmalarının tədris planlarını tərtib edir və əsas peşə fənlərinin tədrisini təmin edir.

Akademiyanın tədris proqramları Avropa Kredit Transferi Sisteminə (Bolonya) uyğun hazırlanmış və İqtisadiyyat, Beynəlxalq ticarət və logistika, Hüquqşünaslıq, İnformasiya təhlükəsizliyi ixtisasları üzrə tələbələrə, ixtisaslarına uyğun çox çeşidli fənləri və eləcə də, bu fənnlərin gömrük sistemi ilə əlaqələndirilmiş ixtisas fənlərinin tədrisi həyata keçirilir.

Belə ki, Hüquqşünaslıq ixtisası üzrə tələbələt Mülki hüquq, Ailə hüququ, Əmək hüququ, Sosial təminat hüququ kimi ictimai,  Cinayət hüququ, Cinayət prosesual hüquq, Cəza icra hüququ, Kriminalistika, Məhkəmə ekspertizası kimi inzibati, Beynəlxalq ümumi hüquq, Beynəlxalq xüsusi hüquq, Avropa İttifaqı hüququ kimi xarici, Maliyyə hüququ, Nəqliyyat hüququ, Bank hüququ, Kommersiya hüququ, Vergi hüququ kimi iqtisadi mövzularla yanaşı, Gömrük nəzarəti və gömrük rəsmiləşdirilməsi, Gömrük prosedurları və bəyanetmə, Gömrük-tarif tənzimlənməsi, Gömrük hüququ kimi gömrük sahəsi ilə birbaşa əlaqəli fənləri öyrənəcək.
Həmçinin, İqtisadiyyat ixtisası üzrə tələbələr Mikroiqtisadiyyat, Makroiqtisadiyyat, Statistika, Ekonometrika, Maliyyə, Bank işi, Vergitutma, Menecment, Marketinq, Mühasibat uçotu, Audit, Dünya iqtisadiyyatı, Firmanın iqtisadiyyatı, Azərbaycan iqtisadiyyatı, İqtisadiyyatın tənzimlənməsi, Dövlətin iqtisadi siyasəti kimi iqtisadi mövzularla yanaşı, Gömrük işinin təşkili və menecmenti, Gömrük nəzarəti və gömrük rəsmiləşdirilməsi, Gömrük prosedurları və bəyanetmə, Gömrük-tarif tənzimlənməsi, Gömrük statistikası və informasiya texnologiyaları kimi gömrük sahəsi ilə birbaşa əlaqəli fənləri öyrənəcək.

Beynəlxalq ticarət və logistika ixtisasında tədrisin ilk iki ilində iqtisadiyyat elminin baza fənləri, daha sonra Beynəlxalq ticarət, Beynəlxalq logistika, Beynəlxalq biznes, Beynəlxalq ticarət hüququ, Beynəlxalq nəqliyyat əməliyyatları kimi beynəlxalq bizneslə və logistika ilə birbaşa əlaqəli fənləri elmi-praktiki bilik səviyyəsində öyrədilir. Bununla yanaşı, beynəlxalq ticarət və logistikanın əsas halqası olan gömrük işi sahəsində yetərli bilik əldə etmək üçün Gömrük işinin təşkili və menecmenti, Gömrük nəzarəti və rəsmiləşdirməsi, Xarici iqtisadi fəaliyyətin gömrük tarif tənzimlənməsi, Gömrük logistikası, Gömrük ekspertizası kimi fənlər tədris olunur.

Eyni zamanda, inkişaf edən qlobal iqtisadiyyatı tam başa düşmək üçün Elektron ticarət, həmçinin beynəlxalq iqtisadi mühiti qavramak üçün Beynəlxalq iqtisadi təşkilatlar və iqtisadi inteqrasiya, Beynəlxalq marketinq, Risk menecmenti və sığorta kimi yeni fənlər tədris edilir. Bunlarla yanaşı, yumşaq və sərt bacarıqların nəzəri və praktiki şəkildə öyrədiləcəyi bu ixtisasda tələbəyə elmi təqdiqatların aparılması və kompüter bacarıqlarının inkişaf etdirilməsi aşılanır.

İnformasiya təhlükəsizliyi ixtisası ölkə əhəmiyyətli stratejik və perspektivli sahə kimi  informasiya texnologiyaları və proqramlaşdırma ilə əlaqəli vacib dərsləri tələbələrə çatdırır. Burada, Xətti cəbr və analitik həndəsə, Riyazi analiz, Diferensial tənliklər, Diskret riyaziyyat, Ehtimal nəzəriyyəsi və riyazi statistika kimi ali riyaziyyatın bölmələri öyrədildikdən sonra, Kompüter arxitekturası, Kompüter qrafikası kimi ümumi kompüter bacarıqları, Proqramlaşdırmanın əsasları, Əməliyyat sistemləri, Verilənlər strukturları və alqoritmlər, Kriptoqrafiyanın əsasları, İnformasiya axtarışının üsul və vasitələri, Verilənlər bazası sistemləri, Verilənlərin analitik emalı sistemləri, Steqanoqrafiya, Obyekt-yönlü proqramlaşdırma, Mobil qurğular üçün proqramlaşdırma, Veb-proqramlaşdırma, Veb dizayn, MATLAB mühitində modelləşdirmə, Python proqramlaşdırma dili, Proqramlaşdırma texnologiyaları və metodları kimi proqramlaşdırma bacarıqları, İnformasiya mühafizəsinin üsul və vasitələri, Verilənlərin intellektual analizi, Kompüter virusları və antiviruslar, Mobil qurğuların təhlükəsizliyi, Kompüter və şəbəkə sistemlərinin təhlükəsizliyi kimi informasiya təhlükəsizliyi bacarıqları tələbəyə elmi-praktiki səviyyədə aşılanır.